石谷孔司（いしやこうじ）

所属：金沢大学医薬保健研究域附属サピエンス進化医学研究センター（古代文明・文化資源学研究所兼任）
職階：助教
専門：バイオインフォマティクス（生物情報科学）、ゲノム生物学、考古ゲノム学
※金沢大学：研究者情報

研究内容

　遺跡などから出土した考古試料のDNAを分析する「パレオゲノミクス」は、過去に存在していた（あるいは絶滅してしまった）生物に関する貴重な情報を得るための強力なアプローチです。このような研究がここ数年で急速に進展した背景には、「バイオインフォマティクス」と呼ばれる、生物を情報科学的な視点から分析し理解するための研究分野の発展が深く関係しています。従来、考古試料のDNA分析には、経年劣化によるDNAの分解、他個体や別種のDNAによる汚染、非常に限られたDNA量といった数多くの制約がありました。しかし、統計学や機械学習、深層学習、AIといった先端技術を駆使したバイオインフォマティクスの研究により、こうした課題が克服されつつあります。バイオインフォマティクスの研究開発を主軸にヒトを中心とした動植物や微生物の起源や進化に対する理解を深めながら、考古科学を含めた文理融合型研究を進めていきたいと考えています。

主な著書・論文

• Koji Ishiya, Fuzuki Mizuno, Jun Gojobori, Masahiko Kumagai, Yasuhiro Taniguchi, Osamu Kondo, Masami Matsushita, Takayuki Matsushita, Li Wang, Kunihiko Kurosaki, Shintaroh Ueda (2024). High-coverage genome sequencing of Yayoi and Jomon individuals shed light on prehistoric human population history in East Eurasia. bioRxiv.
• Koji Ishiya, Sachiyo Aburatani (2021). Multivariate statistical monitoring system for microbial population dynamics. Physical biology 19(1).
• Koji Ishiya, Fuzuki Mizuno, Li Wang, Shintaroh Ueda (2019). MitoIMP: A computational framework for imputation of missing data in low-coverage human mitochondrial genome. Bioinformatics and Biology Insights, 13, 1-9.
• Koji Ishiya, Shintaroh Ueda (2017). MitoSuite: a graphical tool for human mitochondrial genome profiling in massive parallel sequencing. PeerJ, 5.